Iedere gemeente is plaatselijk verantwoordelijk voor haar eigen beleid. Vrije Evangelische Gemeenten denken van onderop. Het hart van de kerk klopt in de plaatselijke gemeente. Daarmee behoort de Bond tot die kerken en geloofsgemeenschappen die zich congregationalistisch noemen. Wel zijn de gemeenten bereid zich op hun gezamenlijke verantwoording aan te laten spreken. Daarvoor hebben zij in 1881 een Bond opgericht, die een veelheid van taken voor zijn rekening neemt.

Over de uitvoering van deze taken wordt op de jaarvergadering van de Bond, waar afgevaardigden van gemeenten bijeen zijn, beslist. De verantwoordelijkheid voor de uitvoering van het door de bondsvergadering bepaalde beleid ligt in handen van het comité.

De oorsprong van de Vrije Evangelische Gemeenten ligt in de vorige eeuw.  Hun ontstaan is niet terug te voeren tot een min of meer massale scheuring in een bestaande kerk op een bepaald moment, maar heeft veeleer geleidelijk plaats gevonden. Factoren die daarbij een rol spelen zijn onder meer de invloed van de Zwitserse Reveilbeweging met haar aandacht voor de plaatselijke gemeente en het persoonlijk geloof, een grote belangstelling voor de zending, maar ook bezwaren tegen de toenmalige Nederlandse Hervormde Kerk en een afkeer van staats- bemoeienis met de kerken.

In Ermelo, Amsterdam, Zeeland, de kop van Friesland, de Veenkoloniën en op andere plaatsen ontstaan vrije gemeenten. Vanaf het begin leggen zij de nadruk op:

• persoonlijk geloof van haar leden
• de plaatselijke gemeente als het hart van de kerk
• zending en diaconaat

Met deze keuzes nemen de Vrije Evangelische Gemeenten een eigen plaats in in kerkelijk Nederland.